Nachdem schon im 17. Jahrhundert in Magdeburgs Altstadt ein Krankenhaus für die Stadtarmen mit einer Belegzahl von 24 Betten etabliert worden war, wird 1743 in der Knochenhaueruferstraße durch Aus- und Umbau bestehender Gebäude ein neues Kranken- und Waisenhaus mit 70 Betten geschaffen. 1817 wird in der Marstallstraße das Krankenhaus Altstadt geschaffen, vorübergehend (vermutlich bis 1829) existiert auch eine Kuranstalt für Krätze und Syphilis. 1827 findet eine Erweiterung des Krankenhauses um ein Operationsgebäude statt, eine Dispensieranstalt wird eingerichtet und die Einrichtung 1833 um ein Pockenhaus erweitert. 1841 wird eine Medizinisch-Chirurgische Lehranstalt geschaffen.
Nachdem 1866-1868 das Krankenhaus Altstadt durch einen Neubau für die chirurgische Station erweitert wird, nimmt man 1875 einen großzügigen Um- und Ausbau des Krankenhauses in Angriff und vier neue Krankenhausbauten werden im Pavillonstil errichtet. Maßgeblich daran beteiligt ist Sanitätsrat Prof. Dr. med. Emanuel Aufrecht (1844-1933), als Sohn jüdischer Eltern 1844 in Loslau in Schlesien geboren, der schon 1866 auf Empfehlung Rudolf Virchows vor Vollendung seines Studiums am Krankenhaus tätig ist, ehe er am 1. Oktober 1879 Oberarzt der inneren Station des Krankenhauses wird, ein Amt, das er bis zum 31. Dezember 1905 ausübt.
Als die Zunahme des Krankenbestandes die Planung und den Bau eines weiteren Krankenhauses nötig macht und 1890 in der Leipziger Straße mit dem Bau des Krankenhauses Sudenburg begonnen wird, entsteht dort nach den Plänen Aufrechts zunächst der Irrenpavillon, das Verwaltungs-, Wirtschafts- und Maschinengebäude und 1891 eine Cholerabaracke.
Aktuell ist es schwierig, die baulichen Überreste des Krankenhauses überhaupt auszumachen, zahlreiche Bombentreffer zerstörten große Teile des Gebäudekomplexes, in der Nachkriegszeit wurde die Straßenführung nachhaltig verändert. 